药洲的历史可以追溯到一千多年前的五代十国时期，那时南汉王朝在广州建都，在如今吉祥路南段和教育路一线的两侧，修筑一座行宫———南宫。南宫之内有个湖，称为西湖，又名仙湖，西湖中心有个小岛，便是药洲了。相传，南汉王刘龑欲求长生不老，命人在岛上遍种草药，常常召集众方士在岛上炼丹制药，所以这个岛就得名“药洲”了。还有另一种看法认为，“药”并不是指丹药。原来“药”的正体字是“藥”，“藥”和“篽”在古时候是相通的，都是“御用”的意思。“药洲”实为“藥洲”，解作“宫廷御洲之地”。只是到了今天，用简化字“药”代替“藥”，被误认为“丹药”之意，故事就被附会上去了。
药洲这里有著名的九曜石，如九曜第一石、海上洲石、池东石、珠泉石、仙掌石等，这些石合称为九曜石。认为“九曜石”是指九块奇石，也有一说认为“九”只是一个虚数，形容多不胜数。为得到这九曜石，南汉王刘龑耗费了不少人力物力，背后的故事可谓有血有泪。当年他强令犯人以做苦力来赎罪，从太湖运石头回来。谁不知，海上航行的时候，突然遇到狂风大浪，成只船眼看就要被浪打沉了……危难间，一个神仙降下凡尘，伸手扶了扶船上的石头，连石头带船就这样被他扶稳了，随即风平浪静。于是乎，在如今药洲保留下来的九曜石中，有一块石上还有一直掌印，传说就是这样来的了。
因为九曜石的名气，药洲在清代也被称作九曜园，连南面的一条街巷，也被称作九曜坊。在清代时，附近的华佗庙亦称九曜古庙，庙旁的桥也称九曜桥。即使名气这么大，但九曜石的命途也是相当坎坷的。原来，到了明代，西湖水源文溪改道东濠涌入珠江，所以西湖逐渐淤塞，九曜石亦被土掩。到了清嘉庆年间，这里建了西湖书院，药洲遗址的范围不断缩小，大部分渐成为街道，剩下的就只有我们现在能看到的这些了。直到后来，这些消失了的九曜石，才陆陆续续被发现。它们有的早前被迁往了别的地方，又被今人重新迁回来。而有的，甚至是在20世纪80年代，才被人们从湖里挖出来。
