1、中国运输企业系统效率低，运输成本高
我国与发达国家在运输成本方面、周转速度方面以及产业化方面存在较大差距，服务水平和效率方面都比较低。我国目前每万元GDP产生的运输量为4972吨公里，而美国和日本的这一指标分别为870吨公里和700吨公里。
我国运输系统各环节的衔接较差，运转效率不高，反映为货物在途时间、储存时间、基础设施劳动生产率等方面均有较大改善和提高的余地。仅以货运汽车的生产率水平为例，美国营运汽车的单车吨年产量约为66万吨公里，而中国这一指标仅为3万吨公里左右。二是速度慢。目前我国铁路货车的运营速度仅46。4公里左右，散装、集装箱等高效运输方式比重较低，装卸时间较长；公路货车的运营速度也不足50公里；内河航运速度更低；原材料、半成品及产成品的在库周转时间平均在3—6个月左右。
此外，根据调研及有关资料分析，我国许多商品总成本中，物流费用已占到20—40％，每年因包装造成的损失约150亿元，因装卸、运输造成的损失约500亿元，保管不善造成的损失在30亿元上下，公路货运因缺乏合理的物流组织，空驶率多年来保持在50％左右；铁路因能力不足，使相当数量的商品失去销售机会或无法保证企业提供客户满意的服务；水运因运输组织方式不能适应市场需求变化，使许多产品失去了低价运输的途径。
2、中国运输企业物流基础设施水平低
总体来看，我国现有的物流基础设施虽然有了很大发展，但是还比较落后。按国土面积和人口数量计算的运输网络密度，我国仅为1344．48公里／万平方公里，而美国为6869．3公里／万平方公里，德国为14680．4公里／万平方公里，印度为5403．9公里／万平方公里。这方面，我们不仅落后于欧美发达国家，与印度等发展中国家相比也有较大差距，如果按人口计算则差距更大(国务院发展研究中心《调查研究报告》总1417期)。
在条块分割、多头管理的传统模式影响下，中国物流业各种物流基础设施的规划和建设缺乏必要的协调，因而物流基础设施的配套性、兼容性差，导致系统功能不强。各种运输方式之间、不同地区运输系统之间相互衔接的枢纽设施建设方面缺乏投入，对中国物流行业发展有重要影响的各种综合性货运枢纽、物流基地、物流中心建设发展缓慢。
中国物流行业物流系统一般技术水平低，装备落后。在仓储设施方面，第三方物流企业拥有的仓库70％是普通平房仓库，现代化立体自动化仓储设施比例极低，具有冷藏、保鲜、气调功能的仓库更少。在使用的搬运工具中，人工搬运车，手推叉车和普通起重设备占到70％以上，而可视屏叉车等现代化的搬运工具却很少采用。在运输工具方面，第三方物流企业拥有的运输车辆中，普通车辆占70％以上，而现代化的箱式货柜和集装箱拖头及特种运输车辆却很少。物流企业开发和使用的物流信息软件，性能水平不高，即使有些软件比较适用，但有时又与客户系统不兼容。
3、中国运输企业标准化建设滞后
物流是跨地区、跨行业的运作系统，标准化程度的高低不仅关系到各种物流功能、要素之间的有效衔接和协调发展，也在很大程度上影响着全社会物流效率的提高。我国物流标准化滞后主要表现在缺乏有关的标准及规章制度，同时在推行标准方面也缺乏必要的力度。例如，各种运输方式之间装备标准不统一，海运与铁路集装箱标准存在差异，在一定程度上影响着我国海铁联运规模的扩展，对我国国际航运业务的拓展、港口作业效率的提高以及进口贸易的发展都有一定程度的影响。又如物流器具标准不配套，特别是现有托盘标准列入了国际标准中所有4种规格，也没有推行的原则，这样等于没有标准。托盘标准和各种运输装备、装卸设备标准之间都有衔接关系，这就影响了托盘在整个物流过程中的有效使用。三是产品包装标准与物流设标准之间缺乏有效的衔接，虽然目前我国对商品包装已有初步的国家和行业标准，但在与托盘和各种运输装备、装卸设施、仓储设施相衔接的集装单元化包装标准方面还比较欠缺，这对各种运输工具的装载率、装卸设备的荷载率、仓储设施空间利用率方面的影响较大。四是信息系统之间缺乏接口准，工商企业内部物流信息系统与第三方信息系统之间缺乏有效衔接，运输信息系统、仓储信息系统、物流作业管理信息系统之间互不沟通，由于没有公共物流信息交流平台，以EDI互联网等为基础的物流信息系统难以得到实际应用。
4、中国运输企业管理体制和机制方面的障碍
在计划经济体制下，各个行业从上到下一统到底，行业之间、部门之间管理体系分割现象严重，在向市场经济转型的过程中，习惯势力仍然有一定影响。运输企业的发展涉及到基础设施、物流技术设备、产业政策、投资融资、税收、海关、服务、与运输标准等多个方面，而这些问题的管理分属于不同的政府职能部门，各职能部门对现代物流认识不足和缺乏统一协调的战略思想，成为中国运输企业发展的主要瓶颈之一。
由于经济利益部门化和地区化弊端的存在，中国运输企业在物流业的管理体制和机制上的协调能力较差。物流业涉及交通运输、经贸、外经贸、城市管理、公安、税务、海关、商品检验检疫等多个部门，这些部门的管理职能、管理方式和制度体系等存在较大不同，在对物流业实施管理的过程中，因管理之间的体制及机制性原因，造成物流业发展的许多困难。条块分割计划经济体制的管理体制及机制的影响，许多部门政企尚未实现真正的分开，从形成了多部门管理的条条之间的基于部门利益的分割状态，使得管理的能力因分割而受到局限和制约，造成管理水平的提高较为缓慢。此外，由于地区的经济利益驱动，地方管理成为地方利益的体现，助长了地方保护主义。目前，我国相当一部分省市间的市场壁垒，使网络化物流服务企业的成长变得相当困难。
